A proposta pedagógica do Metodista para o Ensino Médio é baseada na interdisciplinaridade e privilegia o desenvolvimento da autonomia intelectual, do pensamento crítico, reflexivo e criativo e do aprofundamento dos conhecimentos, preparando-o para o exercício da cidadania, sem perder de vista sua principal função: prepará-lo para o prosseguimento dos estudos e para enfrentar com sucesso o desafio dos vestibulares e o Enem.
Por isso, trabalhamos com um sistema diferenciado no Ensino Médio, em que, nas duas primeiras séries, são estudados os assuntos das várias áreas do conhecimento e, na terceira, é feita uma revisão geral de todo o conteúdo programático, além de simulados e aulões multidisciplinares que ensinam os estudantes a pensarem de forma abrangente e contextualizada.