O Ensino Fundamental II corresponde às turmas do 6º ao 9º ano . No Metodista, o trabalho no Ensino Fundamental II vem ao encontro das habilidades esperadas dos estudantes, expostos a um ambiente que exige leitura plural do mundo, que se caracteriza por rápidas mudanças nos campos científico, tecnológico e político.
Nessa etapa, o professor continua tendo um papel ímpar e decisivo nos resultados, conduzindo as aulas e instigando a aprendizagem, porém, o incentivo à busca por continuar a caminhada de aquisição de conhecimentos, por meios próprios ou fornecidos por ferramentas disponíveis, será constante e permitirá aos alunos ir além de forma mais autônoma.
O aluno do Fundamental II desenvolve suas estruturas cognitivas em nível muito elevado, tornando-se apto a aplicar o raciocínio lógico a todas as classes de problemas.